Il existe quelques situations où BatChmod ne peut affecter les privilèges des éléments. par exemple, si la caractéristique «immutable» de Unix est réglée pour des fichiers ou dossiers, personne ne peut modifier ces éléments et BatChmod ne fait pas exeption à la règle.

Aussi, si des éléments sont verrouillés et que vous ne sélectionnez pas l'option de déverrouiller les éléments, ils ne seront pas affectés, mais vous n'aurez aucun message à cet effet. Ceci est du à la nature des commandes Unix utilisées qui ne permettent pas ce genre de retour d'information.

Lorsque vous modifiez des fichiers et dossiers avec BatChmod, le Finder n'affiche pas toujours le résultat des changements et ne vous donnera pas nécessairement accès aux éléments. Il faut parfois fermer la session et la réouvrir pour voir les changements.